docs: consolidate documentation into organized structure

- Move 12 markdown files from root to docs/ subdirectories
- Organize documentation by category:
  • docs/troubleshooting/ (1 file)  - Technical troubleshooting guides
  • docs/deployment/      (4 files) - Deployment and security documentation
  • docs/guides/          (3 files) - Feature-specific guides
  • docs/planning/        (4 files) - Planning and improvement proposals

Root directory cleanup:
- Reduced from 16 to 4 markdown files in root
- Only essential project files remain:
  • CLAUDE.md (AI instructions)
  • README.md (Main project readme)
  • CLEANUP_PLAN.md (Current cleanup plan)
  • SRC_STRUCTURE_IMPROVEMENTS.md (Structure improvements)

This improves:
✅ Documentation discoverability
✅ Logical organization by purpose
✅ Clean root directory
✅ Better maintainability

docs/claude/mcp-integration.md

@@ -22,6 +22,7 @@ echo '{"jsonrpc": "2.0", "method": "initialize", "params": {}}' | docker exec -i
 
 ## Verfügbare MCP Tools
 
+### Framework Analysis Tools
 | Tool | Beschreibung | Verwendung |
 |------|--------------|------------|
 | `analyze_routes` | Alle registrierten Routen abrufen | Framework-Routing-Analyse |
@@ -29,10 +30,40 @@ echo '{"jsonrpc": "2.0", "method": "initialize", "params": {}}' | docker exec -i
 | `discover_attributes` | Attribute nach Typ entdecken | Framework-Pattern-Erkennung |
 | `framework_health_check` | Health Check der Framework-Komponenten | System-Status-Überprüfung |
 | `list_framework_modules` | Alle Framework-Module auflisten | Architektur-Übersicht |
+
+### Codebase Analysis Tools (NEW ✨)
+| Tool | Beschreibung | Verwendung |
+|------|--------------|------------|
+| `analyze_codebase` | Intelligente Codebase-Analyse mit semantischer Suche | Umfassende Code-Analyse |
+| `find_controllers` | Alle Controller-Klassen finden | Controller-Discovery |
+| `find_services` | Alle Services, Manager, Repositories finden | Service-Layer-Analyse |
+| `find_value_objects` | Alle Value Object Klassen finden | Domain-Model-Analyse |
+| `find_initializers` | Alle DI Container Initializers finden | Dependency-Injection-Analyse |
+| `find_mcp_tools` | Alle MCP Tool Methoden finden | MCP-Integration-Übersicht |
+| `find_commands` | Alle Console Commands finden | CLI-Kommando-Analyse |
+| `search_by_pattern` | Suche nach Klassennamen-Pattern | Pattern-basierte Suche |
+
+### File System Tools
+| Tool | Beschreibung | Verwendung |
+|------|--------------|------------|
 | `list_directory` | Verzeichnisinhalte auflisten (projekt-beschränkt) | Dateisystem-Navigation |
 | `read_file` | Dateiinhalte mit Zeilenlimits lesen | Code-Analyse |
 | `find_files` | Dateien nach Pattern finden | Pattern-basierte Suche |
 
+### Git Version Control Tools (NEW ✨)
+| Tool | Beschreibung | Verwendung |
+|------|--------------|------------|
+| `git_status` | Git Status mit staged/unstaged/untracked Änderungen | Änderungs-Übersicht |
+| `git_diff` | Diff für staged oder unstaged Änderungen | Code-Review |
+| `git_add` | Dateien für Commit stagen | Staging-Operationen |
+| `git_commit` | Commit mit Message erstellen | Commit-Erstellung |
+| `git_generate_commit_message` | AI-gestützte Commit-Message-Generierung | Intelligente Commits |
+| `git_log` | Commit-Historie abrufen | Verlaufs-Analyse |
+| `git_branch_info` | Branch-Informationen | Branch-Management |
+| `git_changed_files` | Liste geänderter Dateien mit Typen | Änderungs-Tracking |
+| `git_stash` | Änderungen stashen | Temporäre Speicherung |
+| `git_stash_list` | Stash-Liste anzeigen | Stash-Verwaltung |
+
 ## MCP Resources
 
 - `framework://config`: Framework-Konfiguration und Umgebung
@@ -53,18 +84,123 @@ echo '{"jsonrpc": "2.0", "method": "initialize", "params": {}}' | docker exec -i
 
 ## Framework-Analyse-Capabilities
 
+### Core Framework Analysis
 - **Route Discovery**: Automatische Erkennung aller registrierten Routen
 - **Container Binding Inspection**: Analyse der Dependency Injection Bindings
 - **Modul- und Komponenten-Discovery**: Erkennung aller Framework-Module
 - **Health Monitoring**: Überwachung des Framework-Status
 - **File System Operations**: Projekt-beschränkte Dateisystem-Operationen
 
+### Intelligente Codebase-Analyse (NEW ✨)
+- **Semantic Search**: AST-basierte Code-Analyse statt nur Text-Pattern-Matching
+- **Attribute Discovery**: Finde Klassen basierend auf Attributen (#[Route], #[McpTool], etc.)
+- **Interface Implementation Search**: Finde alle Implementierungen eines Interfaces
+- **Pattern-Based Class Discovery**: Wildcard-Patterns wie `*Controller`, `*Service`
+- **Component Categorization**: Automatische Kategorisierung (Controllers, Services, VOs, etc.)
+- **Performance Optimiert**: Nutzt Framework's Discovery System und Caching
+- **Batch Operations**: Mehrere Suchtypen in einer Query kombinierbar
+
+## Verwendungsbeispiele
+
+### Codebase Analysis Queries
+
+```bash
+# Find all controllers and their routes
+find_controllers
+
+# Find all services (Services, Managers, Repositories)
+find_services
+
+# Find all value objects
+find_value_objects
+
+# Search by pattern
+search_by_pattern "*Repository"
+search_by_pattern "*Handler"
+
+# Complex query with multiple filters
+analyze_codebase {
+  "attribute_types": ["App\\Framework\\Attributes\\Route", "App\\Framework\\Attributes\\Initializer"],
+  "class_name_patterns": ["*Controller", "*Service"],
+  "max_results": 100
+}
+```
+
+### Git Workflow Examples
+
+```bash
+# Intelligenter Commit-Workflow
+# 1. Status prüfen
+git_status
+
+# 2. Änderungen analysieren
+git_changed_files
+
+# 3. AI-gestützte Commit-Message generieren
+git_generate_commit_message
+
+# 4. Dateien stagen
+git_add { "files": ["."] }
+
+# 5. Commit erstellen
+git_commit { "message": "feat(Mcp): add Git version control tools for automated workflows" }
+
+# Branch-Workflow
+git_branch_info                 # Aktuellen Branch prüfen
+git_stash                       # Temporäre Änderungen speichern
+git_log { "limit": 10 }        # Letzte 10 Commits anzeigen
+
+# Diff-Analyse
+git_diff { "staged": true }    # Staged changes diff
+git_diff { "file": "src/Framework/Mcp/Tools/GitTools.php" }  # File-specific diff
+```
+
+### Response Format
+
+Alle Codebase-Analysis-Tools liefern strukturierte Ergebnisse:
+
+```json
+{
+  "controllers": [
+    {
+      "class_name": "App\\Application\\Api\\UserController",
+      "file_path": "/var/www/html/src/Application/Api/UserController.php",
+      "namespace": "App\\Application\\Api",
+      "is_readonly": true,
+      "is_final": true,
+      "methods": ["getUsers", "getUser", "createUser"]
+    }
+  ],
+  "routes": [
+    {
+      "path": "/api/users",
+      "http_method": "GET",
+      "controller": "App\\Application\\Api\\UserController",
+      "action": "getUsers"
+    }
+  ],
+  "statistics": {
+    "total_components": 150,
+    "total_routes": 45
+  },
+  "execution_time_ms": 42.5
+}
+```
+
 ## Best Practices für AI-Interaktion
 
-1. **MCP Tools verwenden**: Nutze MCP Tools für Framework-Analyse anstatt manueller Datei-Lesung
-2. **Attribute Discovery nutzen**: Verwende Attribute-Discovery zum Verstehen der Framework-Patterns
-3. **Health Checks**: Führe Framework Health Checks vor Änderungen durch
-4. **Projekt-Scope beachten**: Respektiere projekt-beschränkte Dateizugriff-Limitierungen
+1. **MCP Tools verwenden**: Nutze MCP Tools für Framework-Analyse anstatt manueller Datei-Lesung oder Bash-Grep
+2. **Codebase Analysis bevorzugen**: Nutze intelligente `find_*` Tools statt Pattern-Matching für Framework-Komponenten
+3. **Attribute Discovery nutzen**: Verwende Attribute-Discovery zum Verstehen der Framework-Patterns
+4. **Health Checks**: Führe Framework Health Checks vor Änderungen durch
+5. **Projekt-Scope beachten**: Respektiere projekt-beschränkte Dateizugriff-Limitierungen
+6. **Batch Queries**: Kombiniere mehrere Suchkriterien in einer `analyze_codebase` Query für bessere Performance
+7. **Git Automation** (NEW):
+   - Nutze `git_generate_commit_message` für konsistente Conventional Commits
+   - Prüfe `git_status` vor Änderungen für sauberen Working Tree
+   - Verwende `git_changed_files` für Scope-Analyse vor Commits
+   - Nutze `git_diff` für Code-Review vor dem Stagen
+   - Führe `git_log` aus für Commit-Message-Konsistenz
 
 ## Sicherheitsfeatures